Музей возник одновременно с созданием самого университета в 1974 году.

В день торжественного открытия ОмГУ была организована первая экспозиция, состоящая из двух отделов: в первом были представлены материалы, рассказывающие о рождении, первых шагах, становлении университета, а стенды второго посвящались этнографии народов Сибири.